Ne pas aimer, ne pas supporter quelqu'un.
En fait, s'il ne semble pas exister d'explication nette, il faut probablement se rapprocher d'autres locutions ayant la même signification pour avoir une lueur de compréhension.
Lorsqu'on n'aime pas quelqu'un, on dit aussi « ne pas pouvoir le sentir » ou « ne pas pouvoir le piffer » (issu du pif -nez argotique-).
La mauvaise odeur est au nez ce que la laideur repoussante est à l’œil.
Avoir quelqu'un « dans le nez », c’est être repoussé par la mauvaise odeur que notre nez lui attribue, et qui le rend odieux et repoussant.