Dans l'université, le candidat qui passait une maîtrise et / ou un doctorat portait jadis un bonnet.
On disait alors de lui : « II a pris le bonnet », pour dire qu'il était passé maitre.
D'où l'expression qui nous est restée, un « gros bonnet » désignant une « grosse pointure », un maitre dans son domaine...
Au sens figuré, toute personne disposant d'un pouvoir et d'un prestige exceptionnels, même dépourvue de couvre-chef.