Le « clin », c'est l'action d'incliner, d'abaisser, aujourd'hui usité n'existe plus qu’accompagné d’ « œil ».
Le clin d'œil est en quelque sorte une mesure infinitésimale du temps. L'expression est restée pour signifier tout au phénomène de très brève durée.
Quant à « faire un clin d'œil », au sens propre ce faire un signe imperceptible d'entente ou de complicité en clignant de la paupière du côté de quelqu'un. Au sens figuré, se faire un geste symbolique ou indirect de sympathie ou d'attachement envers quelqu'un