Obtenir deux ou plusieurs résultats, atteindre deux ou plusieurs objectifs avec une seule action ou un seul moyen.
Cette expression est attestée chez Montaigne au 16e siècle, mais il est probable qu'elle existait sous une forme ou une autre bien avant.
La métaphore est extrêmement simple à comprendre : si quelqu'un, à l'aide d'un seul jet de pierre, arrive à toucher deux cibles différentes, il « fait d'une pierre deux coups ».
Il est donc assez compréhensible qu'au figuré ce soit aussi le cas lorsqu'on entreprend une action et qu'on obtient deux ou plusieurs résultats.