Selon les étymologistes, il tirerait son origine du mot « Vātēs » (devin ou voyant) car sous Tibère, l’art de la divination était interdit à Rome même.
Cette étymologie étant incertaine, d'autres parlent d'une ville étrusque nommée « Vaticum », qui aurait jadis existé à cet endroit ou du dieu « Vaticanus » qui présidait aux premières paroles des enfants et dont le temple était construit sur la colline du Vatican.
Le Vatican est un État si petit que toutes ses ambassades sont situées en dehors de ses propres murs, dans la ville de Rome, c'est-à-dire en Italie. Cela inclut l'ambassade d'Italie, ce qui en fait donc la seule ambassade dans le monde qui est située sur son propre territoire.