Être incapable de faire face (sereinement) à la moindre difficulté. Être complètement perdu une fois confronté au moindre changement.
On peut donc comprendre cette expression comme montrant le côté ridicule qu'il y aurait à réussir à se noyer dans un verre d'eau, fait aussi stupide que celui de se laisser dépasser par la moindre petite difficulté.
Où, dit autrement, celui qui est capable de ne plus pouvoir avancer face à un tout petit obstacle doit être suffisamment empoté pour arriver à se noyer dans une toute petite quantité d'eau.
Au 17e siècle, on poussait même l'exagération plus loin, puisqu'on disait déjà « se noyer dans un crachat » ou « se noyer dans une goutte d'eau ».