L’œuf dans cette expression est entendu au sens de germe, de début, de commencement, d'état embryonnaire et fragile.
La métaphore suggère la disparition violente de la possibilité d'un développement aussi radical que l'écrasement d'un œuf.
« Tuer dans l'œuf » est une précaution férocement efficace pour prévenir la croissance d’un ennemi ou d’une haine potentielle.