Secouer fortement. Rabrouer sévèrement, faire de vifs reproches.
Le sens de « secouer » coule de source, mais pourquoi « comme un prunier » ?
Donc, si nombreux sont les arbres susceptibles de se faire secouer, pourquoi est-ce le prunier qui a eu l'heur d'être choisi pour notre expression apparue à la fin du 19e siècle ?
Cela vient probablement et tout simplement d'anciens emplois figurés de la « prune » qui, depuis le 14e siècle, désignait un coup, une blessure.
« Secouer les prunes » est une autre forme abrégée de l'expression dans laquelle l'arbre est remplacé par ses fruits.