Dans la 8e édition du Dictionnaire de l'Académie française, on trouve : « Geste fait en signe de mépris ou de moquerie ». Il ne s'emploie que dans cette locution : « Faire la nique à quelqu'un... »
Vous avez bien compris, il ne s'emploie QUE dans cette locution ; si des petits malins parmi vous pensent l'utiliser différemment, attention !
Le Littré et le Larousse s'avancent un peu plus : On le rapporte d'ordinaire à l'allemand « nicken » (faire un signe de tête).
Le Littré précise que cette étymologie semble la bonne et que le verbe niquer prend ainsi le sens de « branler la tête ».
« Grignoit les dents, et maschoit ses lèvres, niquoit de la teste souvent » (Georges Chastellain, 1405)
Hé ben ! Autrefois, c'était cette partie de l'anatomie qu'ils utilisaient ? Je n'en dirai pas plus ! Bernique !